Sebelum tahun 1960-an, satu-satunya Pengadilan Agama untuk Daerah Istimewa Yogyakarta (DIY) hanya terdapat di Kota Yogyakarta. Lembaga Pengadilan Agama (PA) dengan wilayah yuridiksi 5 kabupaten dan 1 kota provinsi ini mengakibatkan kesulitan bagi daerah luar kota Yogyakarta apabila akan mengajukan perkaranya. Di sisi lain mayoritas penduduk terbesar DIY adalah pemeluk Agama Islam maka persoalan hukum kekeluargaannya diselesaikan oleh Lembaga Peradilan Agama yang menetapkan hukum dan peraturan sesuai dengan syari’at Islam. Untuk memenuhi kehendak hukum masyarakat DIY yang implisit di dalamnya kaum muslimin Kabupaten Bantul, maka Menteri Agama memandang perlu untuk menerbitkan sebuah peraturan yang menjadi landasan terbentuknya sebuah Lembaga PA yang dibutuhkan oleh kaum muslimin. Pada tanggal 1 Agustus 1961 secara resmi dibentuk Cabang Kantor PA Bantul. Penambahan kata “Cabang Kantor” karena pada waktu itu belum memenuhi persyaratan untuk didirikan PA. Cabang Kantor PA lain yang dibentuk bersamaan dengan pembentukan Cabang Kantor PA Bantul adalah :
- Cabang Kantor PA Wonosari, Sleman dan Wates yang merupakan Cabang dari PA Yogyakarta.
- Cabang Kantor PA Sukoharjo yang menjadi cabang dari PA Surakarta.
- Cabang Kantor PA Bawen yang merupakan cabang dari PA Surakarta.
- Cabang Kantor PA Kangean yang merupakan cabang PA Sumenep
Sebelum berdirinya Pengadilan Tinggi Agama Yogyakarta, yurisdiksi Pengadilan Agama Bantul berada di dalam yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Semarang hingga tahun 1993. Pengadilan Agama Bantul dan pengadilan agama dalam wilayah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta selanjutnya berada di bawah yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Yogyakarta yang berdasarkan Undang-Undang Republik Indonesia Nomor 20 Tahun 1992 tanggal 31 Agustus 1992 dan diresmikan pengoperasiannya pada tanggal 30 Januari 1993 oleh Ketua Mahkamah Agung RI.
Adapun wilayah yuridiksi cabang kantor PA Bantul meliputi seluruh wilayah Kabupaten Bantul. Sedangkan kekuasaan absolutnya sesuai dengan ketentuan yang terkandung dalam Staats Blaad tahun 1882 nomor 152 jo. Staats Blad nomor 116 dan 510 tahun 1937 tentang Peraturan Peradilan Agama untuk Jawa dan Madura yang meliputi penerimaan, penyelesaian perselisihan antara suami istri yang beragama Islam, perkara-perkara lain tentang perkawinan, talak, rujuk, perceraian dan menetapkan syarat jatuhnya talak yang digantungkan. Di samping itu, tuntutan mas kawin atau mahar dan tuntutan tentang keperluan hidup istri yang menjadi tanggung jawab suami termasuk wewenang cabang kantor PA Bantul, kecuali dalam perselisihan suami istri akibat perkara tersebut di atas mengenai tuntutan uang dan pemberian benda tertentu tidak termasuk wewenang cabang kantor PA Bantul.
Dalam rangka pembentukan Cabang Kantor PA Bantul kiranya tidak dapat dilupakan jasabaik dari H. Jamhari yang pada saat itu sebagai Wakil Ketua DPRD Propinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dan sebagai tokoh masyarakat yang terpandang, begitu pula jasa baik dari K.H.Muhammad Shofwan yang saat itu sebagai Kepala Jawatan PA Propinsi Jawa Tengah dan DIY yang sekaligus merupakan wakil dari pihak pemerintah.
Setelah diadakan pendekatan dan pembicaraan oleh H. Jamhari dengan tokoh masyarakat dan Kepala Kantor Urusan Agama (KUA) Kabupaten Bantul, maka selanjutnya diambil langkah pembentukan Cabang Kantor Pengadilan Agama Bantul. Atas dasar pemikiran yang sedemikian itu, kemudian keluarlah Surat Keputusan Menteri Agama nomor 61 tahun 1961 tanggal 25 Juli 1961 yang ditandatangani oleh K.H. Wahid Wahab tentang pembentukan Cabang Kantor PA Bantul.
Pada saat cabang kantor PA Bantul diresmikan, tidak disertakan dengan tenaga pengelola yang berkemampuan sepadan maupun sarana yang diperlukan. Untuk memimpin lembaga yang baru lahir tersebut dipercayakan kepada K.H. Nawawi dengan beberapa orang karyawan. Majelis hakim sendiri terdiri dari K.H. Nawawi sebagai ketua majelis dan K. Tondolaksito dan Abdul Hamid Asyahari sebagai hakim anggota, dibantu pula oleh Buchori Jamal sebagai Panitera dan K.H. Maksum sebagai pendamping. Selain hakim tetap masih ada beberapa hakim honor yang terdiri dari K.H. Abdul Rahman, K.H. Muhyiddin, K.H. Hisyam dan K.H. Syifah. Semua hakim dan karyawan tersebut merupakan orang-orang yang awam tentang seluk beluk pemerintahan.Mereka berasal dari berbagai latar belakang berbeda, ada yang berasal dari profesi ulama, petani, pedagang, veteran dan lain sebagainya.Hanya K. Tondolaksito dan Buchori Jamal yang mengerti tentang pemerintahan karena merupakan pegawai KUA dan mantan Kepala Sekolah.Modal dasar para karyawan hanyalah i’tikat yang baik dan semangat yang membaja untuk mengabdi kepada negara dan agama. Jadi tentang pengetahuan pemerintahan mereka belajar pada instansi lain.
Cabang kantor PA bantul pertama kalinya bertempat di rumah K.H. Abdul Qodir pengasuh Pondok Pesantren Al Munawwir (Krapyak, Panggungharjo, Sewon, Bantul) selama kurang lebih tiga bulan. Fasilitas perkantoran tidak ada sama sekali dan keadaan seperti ini berlangsung cukup lama. Untuk mengatasi kesulitan tersebut ditempuh jalan mengumpulkan iuran dari setiap karyawan yang kemudian hasilnya dipergunakan membeli peralatan yang dipergunakan sehari-hari. Guna memperlancar hubungan antar instansi maka kantor pindah ke ibukota Kabupaten Bantul yang bertempat di rumah K.H. Maksum (depan Masjid Besar Bantul) selama empat bulan. Atas usaha bersama dengan pihak KUA Kabupaten bantul akhirnya dapat menempati rumah wakaf dari Ny. Zainal terletak di Jalan Raya Bantul. Di rumah wakaf Ny. Zainal ini sidang pertama diselenggarakan, yang menerima talak atas nama Ny. Usir berlawanan dengan suaminya yang bernama Pardiy, peristiwa bersejarah ini berlangsung pada tanggal 1 Oktober 1962, majelis hakim dalam pemeriksaan ini terdiri K.H. Nawawi sebagai Hakim Ketua, Abdul hamid dan K.H. Tondolaksito sebagai Hakim Aggota dengan dibantu Daman Huri sebagai panitera.
Semenjak berkantor untuk pertama kalinya, selama tujuh bulan pertama para hakim mengadakan studi kasus dan melihat praktek Peradilan di Pengadilan Agama Yogyakarta, yang akhirnya dengan kemampuan pribadi para hakim tentang hukum agama, tugas sehari-hari dapat dijalankan dengan baik dalam arti semua produk putusannya sesuai dengan rasa keadilan, hal ini terbukti adanya sebuah putusan yang dimintakan banding ke Pengadilan Tinggi Agama Surakarta.
Selama berkantor di Jalan Raya Bantul ada Penambahan karyawan dan penyediaan peralatan perkantoran walaupun dalam jumlah yang belum memadai. Pada masa itu pula terjadi pergantian pimpinan dari K.H. Nawawi yang atas permintaan sendiri pindah ke Pengadilan Agama Magelang. Pergantian pimpinan ini terasa sekali manfaatnya, tahap demi tahap suasana kantor yang bersifat tradisi lama berubah menjadi instansi yang lebih baik dari semula.
Perkembangan yang tidak kalah penting adalah status “Cabang Kantor” Pengadilan Agama Bantul menjadi Pengadilan Agama Bantul. Perubahan ini terjadi pada saat diberlakukannya secara efektif Undang Undang nomor 1 tahun 1974 tentang Perkawinan. Mulai saat itu perkembangan Pengadilan Agama Bantul menjadi lebih baik di bidang personalia maupun wewenangnya. Kekuasaan Pengadilan menurut Undang Undang nomor 7 tahun 1989 ialah Pengadilan Agama bertugas dan berwenang memeriksa, memutus dan menyelesaikan perkara-perkara tingkat pertama antara orang-orang yang beragama Islam.